Convertitore di formato molecolare

Carica un file con la molecola o in pasta / digitare molecola nella zona sottostante.
Selezione ingresso e formati e di uscita premere 'Convertire!' pulsante.

Molecola nel formato ingresso
3 water molecule (example of xyz input) O 0 0 0 H 0 0 1 H 0 1 0
Formato di input
Formato di output
Opzioni	Centro coordinate Aggiungi idrogeni Elimina idrogeni

Utilizzo del convertitore di formato molecolare

Questo strumento converte i dati sulla struttura molecolare tra diversi formati di file comunemente utilizzati nella chimica computazionale e nella modellazione molecolare. È possibile caricare un file o incollare i dati molecolari direttamente nell'area di testo.

Basta selezionare il formato di input, incollare o caricare i dati molecolari, scegliere il formato di output desiderato e fare clic su "Converti" per ottenere la struttura convertita.

Opzioni di conversione

Coordinate del centro

Centra la struttura molecolare all'origine (0,0,0). Utile per standardizzare le posizioni molecolari.

Aggiungi idrogeni

Aggiunge automaticamente atomi di idrogeno alla struttura, ove chimicamente appropriato. Utile quando si converte da formati che non includono esplicitamente gli atomi di idrogeno.

Elimina gli idrogeni

Rimuove tutti gli atomi di idrogeno dalla struttura. Utile per creare rappresentazioni semplificate o ridurre le dimensioni del file.

Esempi di input

Esempio di formato XYZ

3
water molecule
O  0.000000  0.000000  0.000000
H  0.000000  0.000000  1.000000
H  0.000000  1.000000  0.000000

Prima riga: numero di atomi, Seconda riga: titolo/commento, Righe successive: simbolo dell'atomo e coordinate x,y,z

Esempio di formato SMILES

CCO

Rappresenta l'etanolo: CCO con idrogeni impliciti

Esempio di formato MOL

  Mrv2014 01012100002D          

  3  2  0  0  0  0            999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.0000    0.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.0000    1.0000    0.0000 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0  0  0  0
  1  3  1  0  0  0  0
M  END

Contiene le coordinate degli atomi e le informazioni sulla connettività dei legami

Suggerimenti per ottenere i migliori risultati

Assicurati che la selezione del formato di input corrisponda al formato dei dati effettivo
Per le conversioni da 2D a 3D, le coordinate potrebbero richiedere un'ottimizzazione dopo la conversione
Durante la conversione in formati di chimica computazionale, verificare la carica e la molteplicità
Le strutture di grandi dimensioni potrebbero richiedere più tempo per essere elaborate: sii paziente con le molecole complesse
Alcune conversioni di formato potrebbero perdere informazioni (ad esempio, gli ordini obbligazionari in formato XYZ)
Verificare sempre che la struttura di output sia chimicamente ragionevole

Limitazioni delle dimensioni dei file

La dimensione massima del file è 1,024 KB. Per file di dimensioni maggiori, si consiglia di suddividerli in strutture più piccole o di utilizzare un software desktop.

Elenco completo dei formati molecolari supportati

Questo convertitore supporta oltre 100 diversi formati di file molecolari tramite OpenBabel. La tabella seguente mostra tutti i formati disponibili e le relative funzionalità:

Formato	Descrizione	Ingresso	Produzione
abinit	ABINIT Output Format	✓
acesin	ACES input format		✓
acesout	ACES output format	✓
acr	ACR format	✓
adf	ADF cartesian input format		✓
adfband	ADF Band output format	✓
adfdftb	ADF DFTB output format	✓
adfout	ADF output format	✓
alc	Alchemy format	✓	✓
aoforce	Turbomole AOFORCE output format	✓
arc	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
ascii	ASCII format		✓
axsf	XCrySDen Structure Format	✓
bgf	MSI BGF format	✓	✓
box	Dock 3.5 Box format	✓	✓
bs	Ball and Stick format	✓	✓
c09out	Crystal 09 output format	✓
c3d1	Chem3D Cartesian 1 format	✓	✓
c3d2	Chem3D Cartesian 2 format	✓	✓
cac	CAChe MolStruct format		✓
caccrt	Cacao Cartesian format	✓	✓
cache	CAChe MolStruct format		✓
cacint	Cacao Internal format		✓
can	Canonical SMILES format	✓	✓
car	Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR format	✓
castep	CASTEP format	✓
ccc	CCC format	✓
cdjson	ChemDoodle JSON	✓	✓
cdx	ChemDraw binary format	✓
cdxml	ChemDraw CDXML format	✓	✓
cht	Chemtool format		✓
cif	Crystallographic Information File	✓	✓
ck	ChemKin format	✓	✓
cml	Chemical Markup Language	✓	✓
cmlr	CML Reaction format	✓	✓
cof	Culgi object file format	✓	✓
com	Gaussian Input		✓
confabreport	Confab report format		✓
CONFIG	DL-POLY CONFIG	✓	✓
CONTCAR	VASP format	✓	✓
CONTFF	MDFF format	✓	✓
copy	Copy raw text		✓
crk2d	Chemical Resource Kit diagram(2D)	✓	✓
crk3d	Chemical Resource Kit 3D format	✓	✓
csr	Accelrys/MSI Quanta CSR format		✓
cssr	CSD CSSR format		✓
ct	ChemDraw Connection Table format	✓	✓
cub	Gaussian cube format	✓	✓
cube	Gaussian cube format	✓	✓
dallog	DALTON output format	✓
dalmol	DALTON input format	✓	✓
dat	Generic Output file format	✓
dmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
dx	OpenDX cube format for APBS	✓	✓
ent	Protein Data Bank format	✓	✓
exyz	Extended XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
fa	FASTA format	✓	✓
fasta	FASTA format	✓	✓
fch	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fchk	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
fck	Gaussian formatted checkpoint file format	✓
feat	Feature format	✓	✓
fh	Fenske-Hall Z-Matrix format		✓
fhiaims	FHIaims XYZ format	✓	✓
fix	SMILES FIX format		✓
fps	FPS text fingerprint format (Dalke)		✓
fpt	Fingerprint format		✓
fract	Free Form Fractional format	✓	✓
fs	Fastsearch format	✓	✓
fsa	FASTA format	✓	✓
g03	Gaussian Output	✓
g09	Gaussian Output	✓
g16	Gaussian Output	✓
g92	Gaussian Output	✓
g94	Gaussian Output	✓
g98	Gaussian Output	✓
gal	Gaussian Output	✓
gam	GAMESS Output	✓
gamess	GAMESS Output	✓
gamin	GAMESS Input	✓	✓
gamout	GAMESS Output	✓
gau	Gaussian Input		✓
gjc	Gaussian Input		✓
gjf	Gaussian Input		✓
got	GULP format	✓
gpr	Ghemical format	✓	✓
gr96	GROMOS96 format		✓
gro	GRO format	✓	✓
gukin	GAMESS-UK Input	✓	✓
gukout	GAMESS-UK Output	✓	✓
gzmat	Gaussian Z-Matrix Input	✓	✓
hin	HyperChem HIN format	✓	✓
HISTORY	DL-POLY HISTORY	✓
inchi	InChI format	✓	✓
inchikey	InChIKey		✓
inp	GAMESS Input	✓	✓
ins	ShelX format	✓
jin	Jaguar input format	✓	✓
jout	Jaguar output format	✓
k	Compare molecules using InChI		✓
lmpdat	The LAMMPS data format		✓
log	Generic Output file format	✓
lpmd	LPMD format	✓	✓
mae	Maestro format	✓	✓
maegz	Maestro format	✓	✓
mcdl	MCDL format	✓	✓
mcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
MDFF	MDFF format	✓	✓
mdl	MDL MOL format	✓	✓
ml2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mmcif	Macromolecular Crystallographic Info	✓	✓
mmd	MacroModel format	✓	✓
mmod	MacroModel format	✓	✓
mna	Multilevel Neighborhoods of Atoms (MNA)		✓
mol	MDL MOL format	✓	✓
mol2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
mold	Molden format	✓	✓
molden	Molden format	✓	✓
molf	Molden format	✓	✓
molreport	Open Babel molecule report		✓
moo	MOPAC Output format	✓
mop	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopcrt	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mopin	MOPAC Internal	✓	✓
mopout	MOPAC Output format	✓
mp	Molpro input format		✓
mpc	MOPAC Cartesian format	✓	✓
mpd	MolPrint2D format		✓
mpo	Molpro output format	✓
mpqc	MPQC output format	✓
mpqcin	MPQC simplified input format		✓
mrv	Chemical Markup Language	✓	✓
msi	Accelrys/MSI Cerius II MSI format	✓
msms	M.F. Sanner's MSMS input format		✓
nul	Outputs nothing		✓
nw	NWChem input format		✓
nwo	NWChem output format	✓
orca	ORCA output format	✓
orcainp	ORCA input format		✓
out	Generic Output file format	✓
outmol	DMol3 coordinates format	✓	✓
output	Generic Output file format	✓
paint	Painter format		✓
pc	PubChem format	✓
pcjson	PubChem JSON	✓	✓
pcm	PCModel Format	✓	✓
pdb	Protein Data Bank format	✓	✓
pdbqt	AutoDock PDBQT format	✓	✓
png	PNG 2D depiction		✓
pointcloud	Point cloud on VDW surface		✓
pos	POS cartesian coordinates format	✓
POSCAR	VASP format	✓	✓
POSFF	MDFF format	✓	✓
pov	POV-Ray input format		✓
pqr	PQR format	✓	✓
pqs	Parallel Quantum Solutions format	✓	✓
prep	Amber Prep format	✓
pwscf	PWscf format	✓
qcin	Q-Chem input format		✓
qcout	Q-Chem output format	✓
report	Open Babel report format		✓
res	ShelX format	✓
rinchi	RInChI		✓
rsmi	Reaction SMILES format	✓	✓
rxn	MDL RXN format	✓	✓
sd	MDL MOL format	✓	✓
sdf	MDL MOL format	✓	✓
siesta	SIESTA format	✓
smi	SMILES format	✓	✓
smiles	SMILES format	✓	✓
smy	SMILES format using Smiley parser	✓
stl	STL 3D-printing format		✓
svg	SVG 2D depiction		✓
sy2	Sybyl Mol2 format	✓	✓
t41	ADF TAPE41 format	✓
tdd	Thermo format	✓	✓
text	Read and write raw text	✓	✓
therm	Thermo format	✓	✓
tmol	TurboMole Coordinate format	✓	✓
txt	Title format	✓	✓
txyz	Tinker XYZ format	✓	✓
unixyz	UniChem XYZ format	✓	✓
VASP	VASP format	✓	✓
vmol	ViewMol format	✓	✓
wln	Wiswesser Line Notation	✓
xed	XED format		✓
xml	General XML format	✓
xsf	XCrySDen Structure Format	✓
xyz	XYZ cartesian coordinates format	✓	✓
yob	YASARA.org YOB format	✓	✓
zin	ZINDO input format		✓

Nota: I formati immagine (PNG, SVG) e i formati di stampa 3D (STL) sono solo di output e generano rappresentazioni visive o modelli 3D di strutture molecolari anziché dati di coordinate.

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